اواخر دی ماه 1361 به اتفاق همسر و فرزند چهار ماهه خود به سوسنگرد رفت و مهمان شهید «علی هاشمی» شد. در حالی که با همه وجود به فرزند خردسال خود عشق می ورزید، به یکی از یاران خود که در اطلاعات و عملیات همراه و همدمش بود، این جملات را بیان کرد:

«من به این نتیجه رسیده ام که شهادت دست خودمان است. انتخاب شهادت را خداوند به عهده ما گذاشته است. این ما هستیم که می توانیم شرایط آن را فراهم کنیم. ما هستیم که تعیین کننده این مسأله هستیم.»

شهید باقری در حالی این جملات را در سوسنگرد به یار خود بیان می کرد که چون ابر بهاری می گریست.

ده روز بعد ـ نهم بهمن ماه 1361 ـ در حین شناسایی یکی از مناطق عملیاتی فکه ـ نهر عنبر ـ گلوله توپ عراقی در سنگرش منفجر شد و به اتفاق چهار تن از بهترین یارانش (مجید بقایی، تقی رضوانی، غلام عباس قلاوند و مجتبی مومنیان) به شهادت رسید.